Геймплей и элементы управления FATAL FURY 3 ACA NEOGEO аналогичны оригинальной игре. Система Oversway, в которой раньше было всего две плоскости, была расширена за счет включения третьей плоскости. Игрок сражается в основном на основной плоскости, но может получить преимущество, перейдя на линии колебания заднего плана (LP+LK) или переднего плана (LK+HP).

После выполнения атаки в раскачивающейся плоскости или Oversway Attack персонаж игрока вернется на основную плоскость. Атака Anti-Oversway может противостоять противнику в Sway Plane. В качестве альтернативы игрок может избежать атаки, выполнив «Быстрое взмах», оставив противника открытым для обычной атаки. Регулировка высоты прыжка персонажа, блокирование атаки в воздухе (Воздушная стража) и новая комбо-техника под названием «Комбинационное искусство» позволяют игроку отменить определенную серию (которая варьируется между персонажами) обычных атак от одной до последней. другой.

У каждого персонажа есть обычные специальные приемы и суперспециальные приемы, которые можно использовать только тогда, когда индикатор жизни мигает красным. Кроме того, у каждого персонажа есть «скрытая способность», более мощная версия суперспециального приема, которую можно использовать только в экстремальных обстоятельствах. Скрытая способность персонажа будет активироваться один раз каждые 1024 раза, когда игрок вводит команду для суперспециального приема персонажа. Скрытая способность также может активировать «Суперрежим» перед игрой с помощью секретного кода. Когда полоса жизни игрока становится красной, он должен ввести определенную команду, чтобы активировать скрытую способность. В отличие от суперспециальных приемов, скрытую способность можно использовать только один раз за раунд.

Первого врага игрока можно выбрать из четырех вариантов (Джо, Мэри, Боб и Франко). Если игрок победил первых четырех противников в игре, пятым и последним противником станет Рюдзи Ямазаки в однораундовом сюжетном матче. Игрок сражается с Май, Энди, Хон-Фу, Сокаку, Терри и Гисом, прежде чем встретиться с Ямадзаки в другом полном матче. В зависимости от их общей производительности игрок столкнется либо с Ямадзаки, либо с близнецами Джин, сначала с Чон Шу, а затем с Чон Рей.

Скриншоты